慈善寺主神為釋迦牟尼佛。慈善寺初稱本願寺,供奉阿彌陀佛。 日人推動「皇民化運動」,刻意在城隍廟前建造日本佛教寺院,稱「東本願寺」,因此本寺改稱西本願寺。光復後,妙賢法師接管西本願寺,寺名改為「慈善院」,屬曹洞宗。
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